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Chromas(DNA序列分析軟件) V2.6.5 官,去吧皮卡丘,方版

  Chromas 是一款非常專業的dnf序列分析軟件,通過它可以打開ab1、scf、ztr格式的圖譜文件,通過Chromas可以對這些圖譜進行有效的分析,軟件支持自動刪除低質量序列和矢量序列,同時軟件還支持將圖譜進行格式轉換,從而方便使用其它軟件打開。

Chromas

【功能介紹】

  1、從Applied Biosystems DNA測序儀打開.ab1色譜圖文件。

  2、打開由其他序列發生器創建或從數據庫檢索的SCF和ZTR格式色譜圖文件。

  3、保存為.scf或Applied Biosystems .ab1格式。

  4、打印色譜圖,其中包含縮放或適合一頁的選項。

  5、自動刪除低質量序列(當質量數據可用時)或矢量序列。

  6、以純文本,FASTA,FASTQ,EMBL,GenBank或??GCG格式導出序列,或使用基本編號格式化以進行演示。

  7、將序列以純文本,FASTA或FASTQ格式復制到剪貼板,以粘貼到其他應用程序中。

  8、反轉和補充序列和色譜圖。

  9、通過精確匹配或最佳對齊搜索子序列。

  10、顯示3幀中的翻譯以及序列。

  11、復制色譜圖部分的圖像以粘貼到文檔或演示文稿中。

  12、批處理,包括格式轉換,帶矢量刪除的序列導出,批量打印和原始數據的批量導出。

  13、使用Nucleics Pty Ltd的PeakTrace RP組件增強.ab1文件,以提高峰值可讀性并提取更多高質量的基礎。

Chromas

【使用方法】

  1、選擇File菜單打開一個序列文件,或者直接通過Open打開。

  2、一般測序中一個反應大概能測的長度為800左右,由于熒光染料的干擾和機器性能,測序結果在最開始和最后面的時候有幾十個堿基不準確,如下圖中紅框的部分。評判測序結果的時候可以忽略前50個和后50個堿基。

  3、我們通過工具欄的縮放工具,可以放大或者縮小整個視圖:

  通過上圖可以看出,不同堿基對應不同的顏色。

  4、通過工具欄的“Find'工具,可以查找某個序列:

  5、通過“File”菜單欄的Blast Search可以直接連接在線數據庫,將序列進行Blast,省去了我們打開NCBI等數據庫然后復制序列再比對的麻煩:

  點擊OK之后出現如下界面,然后點擊“View report”即可。

  6、Chromas還自帶序列翻譯蛋白質功能,點擊“Options->Show Translations->All”顯示三條蛋白質翻譯序列。這里之所以顯示三條,是因為Chromas不知道你的序列翻譯的起始位點,所以如果你的序列是cDNA序列,那么這三條蛋白質序列中總有一條是你想要的,這在我們做蛋白質點突變的時候非常有用。當然如果你的是啟動子等其他序列,這個功能是多余的。

  7、我們可以將序列導出,并且可以設置導出的間隔、分行、以及是否顯示序號,下面的設置中代表每60個堿基一行。

  8、當然可能會有同學想說,如果我想把測序峰圖放在文章中,我該怎么弄?Chromas沒有存儲為圖片的選項,這時可能有同學就想用截圖了,這里Chromas可以存儲為PDF格式,在“File”里面選擇Print 預覽,然后選擇PDF即可。

  導出來之后就得到PDF格式的峰圖了,這是矢量圖,可以無限放大。然后通過Photoshop做出所需要的圖片。

標簽: Chro關于愛情的qq網名mas阿加雷斯特戰記圖譜處理

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